Eu quero arriscar um palpite e dizer que "arquivos e aplicativos do sistema" é tudo fora do diretório home / Users. Escolher excluir um sobre o outro seria inútil. Se o seu objetivo é escolher entre fazer o backup dos seus dados em vez de fazer o backup do seu computador, você deve tratar todos os arquivos do sistema como uma unidade inteira, não como peças individuais. A filosofia do UNIX, à qual o Mac OS X adere principalmente, espalha os arquivos do sistema em muitos diretórios diferentes, e excluir um sobre o outro provavelmente resultará em um backup de computador incompleto e não funcional.