Você não perderá a garantia por causa da alteração do sistema operacional, no entanto, esteja preparado para que, se tiver um problema, a primeira coisa que provavelmente fará é recuperar o sistema para sua configuração original.
Além disso, eles têm todo o direito de não oferecer suporte a você contra problemas de hardware que não funcionem diretamente devido à alteração do sistema operacional onde ele funcionaria de outra forma (por exemplo, suporte ao driver).
Você pode ter problemas ao tentar reinstalar o sistema operacional com uma mídia diferente, é melhor manter uma cópia da mídia de recuperação. Às vezes funciona, às vezes não, não há lógica alguma por trás disso. Costumava ser apenas discos de recuperação, mas agora, às vezes, usando mídia genérica com os principais trabalhos.