O problema está no uso de find :
find dir1 -type f
Corresponde a todos os arquivos na estrutura de diretórios, incluindo os que estão dentro dos diretórios .svn . Os arquivos em .svn são aqueles usados para executar o svn diff contra. Então, em essência, você modificou todas as cópias dos arquivos na árvore, não apenas as cópias de trabalho.
Experimente esta sintaxe:
find ./source * -type f ! -path '*/.svn/*' -exec sed "s/@version 0.5.3/@version 0.5.4/" -I {} \;