Eu não acho que você pode, pelas mesmas razões que você não pode sincronizar arquivos de outros sistemas de arquivos no Ubuntu. É altamente improvável que C: \ no Windows desapareça de repente. É igualmente improvável que o / home no Ubuntu desapareça. Considere um memory stick que está sendo sincronizado. Você precisa reorganizar seus dispositivos USB para desconectá-lo. Você então entra no seu sistema e o cliente do Ubuntu One vê que seus arquivos não estão mais presentes. Como é sincronizado, isso significa que será excluído em todos os outros computadores e na web. Não é isso que você quer, mas essa seria a única maneira de lidar com essas coisas. Bem ...
Provavelmente não é impossível encontrar soluções para esses tipos de problemas, mas a sincronização é difícil o suficiente quando você sabe o que está acontecendo. Quando você não sabe o que está acontecendo, como é o caso dos sistemas de arquivos secundários, então fica muito difícil. Eu não esperaria que isso fosse possível pelo menos nas próximas versões, mas também não sou desenvolvedor dessa tecnologia, então quem sabe. :)
Você pode tentar o seguinte, mas o faz por sua conta e risco ... Tenha backup.
Se você é o único usuário do sistema e D: \ pertence somente a você, então você pode tentar montá-lo em seu diretório home em vez de como D :. Isso pode funcionar. Mas NÃO faça isso com um disco externo, pelas razões explicadas acima.