O Thunderbird irá notificá-lo quando houver novos e-mails, então você não precisa fazer nada para configurar isso
Para obter o thunderbird na área de notificação, consulte:
http://kb.mozillazine.org/Minimize_to_system_tray_%28Thunderbird%29
Para alterar o relacionado à frequência de verificação de novas mensagens pelo servidor:
Abra o thunderbird, vá para Ferramentas / Configurações da conta / Configurações do servidor e insira o valor desejado.