Se você se sentir à vontade para escrever scripts de shell, recomendo o Cygwin. É um emulador de shell de comando do Linux para Windows. Ele tem muitos recursos de linha de comando que o linux faz. Com isso, você é capaz de juntar arquivos tar, isto é, torná-los um único arquivo e compactá-los.
Ele também tem um utilitário 7zip que permitirá que você feche seus arquivos se preferir o formato .zip. Pessoalmente eu prefiro o. Eu acho que a compressão é melhor. Além disso, você pode arquivos rar. Tudo o que você precisa fazer é compilar a fonte e que é fornecida gratuitamente no site rarlab.com (onde você obtém o WinRar).
De qualquer forma, com isso dito, você poderá controlar muitos aspectos das tarefas de arquivamento que você está tentando concluir. A advertência, no entanto, é poder ou estar disposto a aprender a escrever scripts de shell.
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