A partir da documentação do Zotero
O Zotero usa versões personalizadas específicas da plataforma do pdfinfo e Utilitários pdftotext do projeto Xpdf de código aberto para PDF indexação. Especificamente, o Zotero usa binários modificados do pdfinfo e pdftotext no Windows para impedir que a janela de prompt de comando aparecendo no tempo de indexação, e uma compilação personalizada de pdfinfo em todos plataformas que suportam a gravação em um arquivo de texto (consulte o código-fonte).
Portanto, este é um comportamento esperado por parte do Zotero e do Ubuntu. (FWIW, embora "instalar software" seja uma palavra bastante strong aqui: ele apenas baixa dois arquivos e os coloca na pasta de dados do Zotero)