Eu uso o dock AWN no Linux (que se comporta muito como os painéis do Windows 7, usando um ícone para iniciar um aplicativo e gerenciar suas janelas). Ele perde o Skype (assim como qualquer outro aplicativo) quando ele é minimizado na bandeja do sistema (área de notificação). Posso desativar o Skype de minimizar a bandeja do sistema favorecendo o comportamento semelhante ao Win7?
A versão do Skype que uso é 2.1 beta, mas não me importaria de reinstalá-la em favor de outra versão.
Eu uso o Arch Linux com o kernel mais recente, x.org e xfce.
De acordo com o desenvolvedor principal do Skype Linux, não existe tal opção, XML-hackable ou outra (novas informações a partir de 2.2.0.62 beta). Sua melhor aposta é procurar por um gerenciador de janelas ou um componente para ele, o que permite ocultar os ícones da bandeja de uma forma genérica.