O comando alsactl store
salva as configurações do mixer em /var/lib/alsa/asound.state
; o comando alsactl restore
recarrega-os.
Em teoria, esses comandos devem ser executados automaticamente quando o computador é inicializado e desligado. Verifique se esse arquivo existe e se os controles do mixer salvos têm o valor correto. Se não, você pode precisar executar esses comandos manualmente.