A resposta curta: Você não . Você não pode instalar o Ubuntu usando o Wubi em uma partição criptografada.
Eu instalei o Ubuntu 10.4 usando o Wubi em um Windows 7 x64 na primeira partição que é NTFS e está usando o BitLocker e não carrega.
É o Wubi incompatível com o BitLocker ou existe uma maneira de configurar o sistema sem remover o BitLocker e fazê-lo funcionar?
Atualmente, quando tento carregar o Ubuntu, recebo a mensagem de erro No wbildr .