Verifique se você possui o iPhone SDK 3.1.3. Xcode 3.1.4 emparelhado com o iPhone SDK 3.1.3 deve funcionar no seu iPod Touch ... Isso é tudo que posso sugerir. Para verificar, entre no menu Xcode - > Ajuda - > mais informações (que abre o gerenciador de perfis do sistema) e na guia de desenvolvimento deve listar todos os SDKs do iPhone que você possui. Se 3.1.3 não estiver lá, faça o download. Se você já tem o iPhone SDK 3.1.3 ... então ... algo está errado.
Se você deseja fazer o novo download do iPhone SDK 3.1.3 com o Xcode 3.1.4, o link de download não está mais "na primeira página", mas este link developer.apple.com link deve ser feito. Para outros links para SDKs mais antigos, consulte o tópico aqui .
É claro que, quando você encontra o tempo, é recomendável que você atualize para o Snow Leopard, já que a Apple sempre adora o mais novo software. Se você deseja desenvolver para qualquer coisa além do iPhone OS 3.1.3, o Snow Leopard é um bom investimento.