Como Frank Schrijver explicou em seu comentário, o bash builtin set irá despejar todas as variáveis do shell (variáveis que "existem" nesse tempo de execução) e todas as funções do shell , novamente funções inicializadas e existente nesse processo de shell específico.
Então, por exemplo, você verá funções como
_tilde ()
{
...
}
que é uma função cuja finalidade é fornecer a conclusão da tabulação no caractere ~ para o editor de linha bash.
Na verdade, mesmo a documentação bash para set , visível executando o comando
man bash | less '+/^\s*set \[--'
não menciona o fato de imprimir todas as funções do shell por padrão, mas como você descobriu e outras apontaram - ele também imprime as funções do shell.