O BIOS tentará inicializar as unidades USB e de CD dependendo do que estiver na unidade, as configurações da BIOS e eu suponho que diferentes fabricantes possam ter noções diferentes sobre como a BIOS se comporta no caso de um não inicializável dispositivo.
Se não conseguir encontrar um gerenciador de inicialização no dispositivo, ele deverá ir para o próximo dispositivo. No entanto, como no seu caso, o BIOS parece travar em dispositivos não inicializáveis que estão conectados ao computador. Eu vi isso acontecer com DVDs de filmes, às vezes. O sistema não consegue encontrar um gerenciador de inicialização na unidade e, por algum motivo, se recusa a seguir em frente. (Na era do Windows 9.x foi-me dito que ter um disco na unidade de CD desacelera o processo de inicialização. Dez anos depois, eu entendo o que ele estava dizendo.)
É claro que as unidades serão legíveis após a inicialização, desde que haja conteúdo real nelas. Novamente, a única razão pela qual eles não seriam lidos pela BIOS é o fato de que não há bootloader, que não tem nada a ver com a forma como as unidades de montagem do Windows ou do Mac OS X ou do Linux. O BIOS monta a unidade em algum nível para procurar um gerenciador de inicialização. Se a BIOS fosse capaz de mostrar arquivos na unidade, ela também leria sua unidade USB.
Acho que depende do BIOS, não do drive USB. Você pode fazer um USB inicializável instalando o Linux nele. Tecnicamente, o Windows será executado em uma unidade USB, mas isso pode ser ilegal, dependendo de como isso é feito.