Posso configurar o servidor FileZilla para que ele grave somente o arquivo quando o upload estiver concluído?
Eu tenho um script do PowerShell assistindo a um diretório para processamento, então prefiro que o arquivo não apareça até que o upload esteja completo - presumivelmente, o FileZilla gravaria o arquivo em um diretório temporário até que ele seja concluído.
Que tal fazer o seu script carregar e depois renomear o arquivo quando terminar? Faça com que o seu mnitor procure apenas por nomes de arquivos ou padrões específicos. Ou faça o upload para um diretório temporário e, em seguida, vá para o diretório monitorado.
Que tal ter um arquivo acionador adicionado à fila que inicia o processamento adicional do seu arquivo maior depois que ele é carregado?