RFC 959 diz que ao enviar o modo ASCII, o lado de envio deve enviar o arquivo em um formato padrão. forma "com fins-de-linha CRLF, e o" receptor converterá os dados do formulário padrão para sua própria forma interna. " (Veja seção 3.1.1.1, Tipo ASCII.)
Portanto, parece que, no seu caso, o lado de envio enviou o arquivo com fins-de-linha CRLF, porque o protocolo FTP o exige e o lado de recebimento os mantém por algum motivo.
Eu encontrei a seguinte página que diz por padrão, o servidor FTP no Red Hat Enterprise Linux 3 e 4 finge permitir o modo ASCII, mas pré-forma uma transferência binária de qualquer maneira: Por que o servidor FTP vsftp falha ao transferir um arquivo no modo ASCII quando o modo ASCII foi configurado pelo cliente FTP no Red Hat Enterprise Linux 3 e 4?
Isso pode explicar por que está mantendo os fins de linha da CRLF.