Eu posso estar errado aqui, mas o Javascript pode optar por abrir explicitamente as janelas com barras de ferramentas, usando o argumento da barra de ferramentas. Então, se o Javascript contiver algo assim:
window.open ("c: \ somepage.html", "new_window", "redimensionável = sim, barras de rolagem = não, barra de ferramentas = sim, localização = não, diretórios = não, status = não, barra de menu = não, largura = 520, altura = 200, topo = 5, esquerda = 5 ")
Acho que a nova instância do IE conterá barras de ferramentas, independentemente de suas configurações.