Acho que encontrei o problema. Eu mudei o ID do controlador para 7 (de 6) e o HD só mostra uma vez agora. No entanto, ele recebe um ID de 6 por algum motivo (eu estava com a impressão de que o padrão era 0, mais uma vez ele não foi ligado). Eu não me importaria, mas a instalação do windows 7 não carregaria (trava na tela "Iniciando o Windows") e suspeito que tenha algo a ver com a ID não sendo 0 (é puramente um palpite)
EDIT - OK, parece que o padrão da fábrica para o Maxtor Atlas é de fato ID 6, então meus problemas com a configuração win7 devem residir em outro lugar, possivelmente com o próprio cartão (configuração não muda com o AHA-2940U2B)