Alguns notebooks têm proteção contra choques. A Lenovo tem especificamente esse recurso, mas sei que outros fornecedores também.
Quando o laptop encontra choques ou solavancos (como acontece em um trem), ele pára o disco rígido por alguns segundos para protegê-lo. Isso não afeta os programas que já estão carregados na memória.
Que marca e modelo de laptop você tem? Eu suspeito que tenha esse recurso instalado.