Como o chkdsk encontrou e "corrigiu" alguns erros, a parição pode estar em um estado que o impede de inicializar de uma maneira que o "reparo de inicialização" não reconhece e, portanto, não conserta. Você pode querer experimentar uma reformatação da partição e reinstalar o Vista.
O fato de haver um problema no disco, em primeiro lugar, também pode indicar um problema físico com o disco. A maioria dos fornecedores possui ferramentas especiais em seu site para diagnosticar problemas com suas unidades além do que o Windows faz. Se você suspeitar do disco, compre um novo e migre tudo nesse disco (até partições que ainda estão bem).
Existe também a possibilidade de um problema de hardware diferente, por ex. placa-mãe, controlador de disco, mas como o Ubuntu parece funcionar bem, isso é menos provável. Você ainda pode querer verificar suas configurações do BIOS para algo incomum (com o qual o Linux pode lidar, mas o Windows não).
Btw, você pode montar a partição do Ubuntu? Se sim use isso para fazer um backup dele primeiro: -)