Eu também vejo isso, mas isso acontece apenas quando o VirtualBox estava sendo executado durante a noite. Invariavelmente, de manhã, o botão da barra de tarefas fica laranja. Tanto a janela da máquina virtual como a janela de controle do VirtualBox precisam ser trazidas para a frente uma vez a cada para parar isso. Nenhum popup ou similar aparece, e nenhum dano parece ser feito. Nenhum outro aplicativo que eu execute faz algo semelhante.
A versão é o VirtualBox 3.2.6 no Windows 7 (x64), com uma única máquina virtual executando o Windows Server 2008 R2 (x64).