O Windows Update está agendado no painel de controle Propriedades do sistema. Programe este para executar a última coisa no início da manhã.
Um bom antivírus tem recursos de agendamento. Eu tenho o meu programado para atualizar às 14:00 e digitalizar às 02:00.
O Java Update Scheduler pode ser domado removendo-o da inicialização e usando o Agendador de Tarefas para iniciá-lo no horário que desejar. Você também precisa agendar alguma tarefa para matar o processo novamente.
Não importa o que você faça, não agende tudo para ser executado simultaneamente. Tudo estará competindo pelo tempo da CPU. Descobrir aproximadamente quanto tempo as coisas levam para executá-las e escaloná-las para que não corram simultaneamente, ou pelo menos não por muito tempo.
Aqui está a programação diária que uso: 14:00 - atualização da definição de antivírus 23:00 - backup 2:00 - varredura antivírus 3h30 - desfragmentação 5:00 - Windows Update