Não posso comentar muito sobre o lado do RAID. Sua melhor aposta é provavelmente obter uma placa RAID de hardware ou usar alguma implementação fornecida pelo firmware (o firmware 'RAID' da Intel é muito bem suportado pelo Linux, mas eu mesmo não o usei, então realmente não posso dizer se vai trabalhar para você ou não).
Para o sistema de arquivos, use o NTFS. O Windows suporta nativamente, e o NTFS-3G no Linux cobre quase tudo o que você realmente precisa, incluindo compressão transparente, links simbólicos, links físicos e propriedade de arquivo de mapeamento (embora isso exija alguma configuração manual). Ele também não sofre com o tamanho do arquivo ou com as limitações de desempenho que o FAT32 faz, ou com os problemas de usabilidade que o exFAT e o UDF têm no Linux.