O mais provável é personalizar as distribuições base, mas eu queria saber qual é mais popular entre a maioria das startups ... RHEL, ubuntu, fedora, centos..etc?
Acho que li em algum lugar que o Facebook tem sua própria versão do Linux. No entanto, você deve ir para a distribuição que é a mais simples de administrar. Se você está lançando uma startup gastando tempo em manutenção de servidor, provavelmente não é o que faz você ter sucesso.
O Facebook usa o Big-IP 9.4.6, que é centralizado em rede de alta velocidade. Não tenho certeza sobre o twitter, mas também será uma versão muito personalizada