1) Se você tiver acesso administrativo ao registro do usuário, poderá modificar a seguinte chave:
HKEY_CLASSES_ROOT\ChromeHTML\shell\open\command
Por exemplo
"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe"--incognito -- "%1"
Isso funcionará para todos os hiperlinks (incluindo e-mails).
2) Também você pode tentar a injeção de parâmetros remotos
<a href='chromehtml:www.google.com"%20--incognito"%20--"'>click me</a>
Mas esta é uma vulnerabilidade de segurança e funciona apenas na versão antiga dos navegadores (IE 8 e anterior).