As respostas dadas sobre diretórios darão o número correto, mas pelas razões erradas. O número é não uma contagem dos subdiretórios mais "." e ".."
O número é na verdade o mesmo que para um arquivo: o número de links físicos para o diretório. Por exemplo, vamos criar um novo diretório:
someuser@mymachine:~/test$ mkdir temp
someuser@mymachine:~/test$ ls -al
total 24
drwxrwxr-x 3 someuser someuser 4096 2012-02-27 15:58 .
drwx------ 50 someuser someuser 16384 2012-02-27 15:52 ..
drwxrwxr-x 2 someuser someuser 4096 2012-02-27 15:58 temp
someuser@mymachine:~/test$
Você pode ver que o número de links é 2. Esses links são o nome "temp" e o "." diretório dentro de temp (também conhecido como "temp /.") Não o diretório "..". Esse é um link para o pai de "temp". Que tipo de explica porque criar um subdiretório cria um novo link. Vamos fazer isso:
someuser@mymachine:~/test$ cd temp
someuser@mymachine:~/test/temp$ mkdir subtemp
someuser@mymachine:~/test/temp$ ls -al
total 12
drwxrwxr-x 3 someuser someuser 4096 2012-02-27 16:03 .
drwxrwxr-x 3 someuser someuser 4096 2012-02-27 15:58 ..
drwxrwxr-x 2 someuser someuser 4096 2012-02-27 16:03 subtemp
someuser@mymachine:~/test/temp$
Existem agora 3 links para o diretório. Eles são "temp", "temp /." e "subtemp / .." (isto é, o diretório ".." dentro de "subtemp"). Então é por isso que os subdiretórios adicionam um link - porque todos eles têm um diretório ".." referindo-se ao pai.