Você pode usar este comando (testado com o aplicativo da calculadora no Windows 10 1709):
Remove-AppxProvisionedPackage -PackageName Microsoft.WindowsCalculator_2017.1201.1912.0_neutral_~_8wekyb3d8bbwe -Online -AllUsers
A parte importante é a mudança de -AllUsers
no final. Isso remove o pacote de todos os perfis existentes atualmente e o desprovisiona para que novos perfis não o instalem. Para encontrar o nome completo do pacote de um fragmento, você pode usar este comando:
Get-AppxProvisionedPackage -Online | ? {$_.PackageName -like '*calc*'} | select -expand PackageName