Possivelmente questão relacionada:
link
Observe que estou usando o Windows 10 Home, versão 1607. O Espaço de armazenamento tem quatro discos com espelhamento bidirecional que resultam em redundância 2x. Fluxos de integridade estão ativados.
A ferramenta Desfragmentar e otimizar o Windows indica "100% de eficiência de espaço (OK)" e, quando executada manualmente, executa apenas uma operação de "corte" por alguns minutos.
O Auslogics Disk Defrag relata que mais da metade do espaço de armazenamento é fragmentado, com muitos arquivos com vários milhares de fragmentos (até 10.000).

Detodasasoutrasferramentasdedesfragmentaçãoqueobservei,somenteoDefragglermencionaexplicitamenteosuportedoReFS,masnadasobreosEspaçosdeArmazenamento.( link ) Diz que o drive é do tipo "HDD". Mas os resultados são consistentes com o Defrag:

Emumanotalateral,issoésurpreendente,umavezquesãoarquivosqueeucopieideoutraunidade,nãoarquivosqueforamanexados,redimensionados,modificadosoununcaabertosnomododegravaçãodesdeacópiaparaaunidade.
ParecequeaferramentadedesfragmentaçãoincluídanoWindowsnãooferecesuporteaoReFS: link
Dado o fato de que sua análise difere amplamente da ferramenta incorporada, e os resultados parecem incomuns, estou imaginando que eles estão relatando corretamente e se é realmente seguro executar uma desfragmentação.