O que você está tentando fazer será extremamente difícil de implementar e manter. Os usuários têm acesso total ao seu OneDrive e movem ou alteram essa estrutura a qualquer momento. Lembre-se também de que os novos usuários criados não devem ter uma pasta "Compartilhar com todos" - a Microsoft parou de criar essa pasta há alguns meses para novos usuários.
Se um documento estiver nessa pasta ou compartilhado com qualquer pessoa, ele será exposto através do Delve e poderá ser pesquisado por quem tiver acesso. Então você pode clicar no botão "Compartilhado comigo" e ter acesso a esses documentos e até mesmo refinar a partir daí. Você também pode pesquisar arbitrariamente por esses documentos se souber parte do nome ou do conteúdo. Eu aconselharia o uso de pastas da maneira que você pretende - em vez disso, seu uso deve limitar-se a dividir a coleção para evitar limites de exibição ou metadados vinculados definidos para coleções de arquivos.
Dito isso, você precisa sincronizar com a pasta de cada usuário, fazer as alterações e voltar a sincronizar. Você pode usar algo assim:
#Get ACL of file before you change it (includes owner)
$objFile = Get-Acl C:\TestFile.txt
#Set file back to original permissions after you alter it
Set-Acl -aclobject $objFile -path C:\TestFile.txt
Se isso não funcionar, você pode usar o comando takeown
Arquivo Único takeown /f c:\TestFile.txt
Diretório inteiro takeown /f c:\Directory /r
Essa é uma maneira muito desajeitada de fazer isso, já que você precisa sincronizar todas as alterações. Mas, se você quiser fazer isso diretamente no O365, é necessário criar um script personalizado que aproveite a API REST ou encontre uma ferramenta de terceiros (não tenho certeza de nenhuma que forneça essa funcionalidade específica, mas há muitas que lidam com a migração de arquivos aspecto disso).
Outra alternativa - é implantar um site da equipe do SharePoint ou aproveitar os grupos do O365. Estes fornecem uma localização central para compartilhar informações. Os grupos em particular são úteis, pois criam listas de distribuição para compartilhar discussões e criam uma biblioteca compartilhada para armazenar conteúdo associado.
O Office 365 é uma plataforma muito poderosa - no entanto, para obter o máximo disso, há uma ligeira mudança de paradigma em como você gerencia objetos.