Em uma janela de terminal, tente ..
sudo apt-get update
.. depois, examine a lista e veja se você pode identificar quais pacotes específicos estão falhando, o que deve permitir, pelo menos, restringir o problema a um repositório ou ponto de falha específico. No momento, parece que você não está recebendo informações suficientes sobre o erro do que você descreveu até agora.
Deixe-nos saber o que você vê de errado e podemos continuar de lá.