Um motivo típico pode ser um upload incompleto. Verifique o tamanho das DLLs enviadas, faça o upload novamente se o tamanho for menor que o esperado.
Outro motivo é a conversão de arquivos entre o Windows e o UNIX, que danifica arquivos binários quando eles são transferidos por engano no modo de texto. Eu não acredito que este seja o seu caso (já que você parece estar usando HTTP e não FTP), mas pode valer a pena checar.
Caso contrário, você terá que comparar sua DLL original compilada pelo Eclipse com a DLL que você baixou do seu servidor da Web e postar as diferenças aqui para análise posterior.