Embora eu não tenha certeza da justificativa exata para esta decisão tocar os sons como mono, a razão pela qual eles são mono é porque o sistema deve tocar os sons em ambos os lados o sistema dependendo de onde o mouse está posicionado. Nem sempre funciona perfeitamente, mas esse é o comportamento pretendido.
Infelizmente, isso parece estar codificado, para que você não possa alterar esse comportamento sem editar o código-fonte no próprio Gnome.