Você pode simplesmente limpar primeiro 1 MB do seu pendrive:
dd if=/dev/zero of=/dev/sdb bs=1M count=1
e, em seguida, reformate-o para FAT32 novamente.
Tenha cuidado, porém: certifique-se de que /dev/sdb
é realmente o seu pen drive, ou você vai matar o conteúdo do seu disco rígido!