Java JRE é executado quando você inicia um programa que usa JAVA. Eu sou um desenvolvedor Java; Eu uso o Eclipse então quando eu inicio, as bibliotecas Java são executadas. Mas se você quiser sair, simplesmente vá para o TASK MANAGER - > Processos - > Selecione isso - > Finalizar processo.
O que eu acho que está sendo executado o tempo todo é porque se você executou um aplicativo e já levou algum tempo para carregar; então, se você executar outro aplicativo Java, não levará tempo porque aconteceu comigo.