Você pode fazer isso com o conversor de vídeo Handbrake; é um ótimo programa gratuito. O Handbrake tem duas opções para manipular legendas, elas podem ser codificadas em faixas de vídeo separadas ou podem ser codificadas no próprio vídeo. (REF )
Quando você estiver configurando um trabalho de conversão no Handbrake, vá para a guia subtitles
e marque a caixa de burn in
na faixa de legenda que você deseja codificar.