Eu não sei qual distro você está usando, mas se você estiver executando o debian (ou derivados), você pode usar o seguinte (se o pacote qpdf estiver instalado);
qpdfcmd() { qpdf ${1} --pages ${1} 2-z -- /tmp/temp.pdf && mv /tmp/temp.pdf ${1}; }
alias cut='qpdfcmd'
nota: solução rápida e suja, isso não é utilizável em um ambiente multiusuário, nem faz uso de nomes de arquivos temporários seguros.