No Windows, abra um cmd.exe e execute
dir \.git /s /p
Agora leia o caminho de cada pasta que encontrar e pergunte-se se a pasta .git realmente precisa estar lá.
O Git permite que você use cd no seu projeto e execute os comandos git . Ele procura uma pasta .git na pasta atual e, em seguida, verifica cada pasta pai. (Por outro lado, o Subversion requer uma pasta .svn em cada pasta comprometida, o que é muito difícil de usar.)