Você pode tentar usar o utilitário de linha de comando unzip do infozip. Ele tem uma opção -B para criar um backup de qualquer arquivo sobrescrito durante a extração, o que pode permitir que você obtenha dois arquivos com o mesmo nome. Você pode baixá-lo do link .
Se isso não funcionar, deve ser possível escrever um programa com bastante facilidade usando (por exemplo) a classe Java java.util.zip.ZipInputStream
que percorre o arquivo e extrai entradas duplicadas com novos nomes. Se você não tem a habilidade de fazer isso sozinho, existem vários sites de contratação freelance com inúmeros programadores que poderiam fazê-lo por não muito dinheiro.