Você está usando a versão do Claws-mail dos repositórios (por exemplo, 3.7.8-1ubuntu4)? A versão 3.7.9-1 tem, entre outros, este bugfix:
Include x-scheme-handler in .desktop file (Closes: #610342)
Portanto, instale esta nova versão e ela deve funcionar. Você pode obter a versão mais recente aqui ou seguir estas instruções. Adicione estes 2 aos seus repositórios:
deb http://ppa.launchpad.net/claws-mail/ppa/ubuntu natty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/claws-mail/ppa/ubuntu natty main
atualize sua lista de fontes e atualize / re-instale o claws-mail. Imagens:
(Se as fontes precisassem repeti-lo para a segunda linha)