É possível fazer o que você quiser usando ferramentas de imposição para PDF. Basicamente, você faz uma imposição de N-up com colunas 1 e linhas 1 e ajusta as configurações de mídia para que o conteúdo seja reduzido por uma determinada porcentagem nas páginas impostas ou o tamanho da página seja aumentado para incluir uma margem.
Meu produto de empresas, Debenu PDF Aerialist (um plug-in para o Adobe Acrobat) pode fazer isso por você. Basicamente os passos são como eu descrevi acima. Eu adicionei algumas capturas de tela abaixo para que você possa ver as configurações relevantes. O plug-in não é gratuito, mas há uma versão de avaliação de 14 dias disponível.