Embora possa estar apontando o óbvio, mas você tentou isso:
tail -f /opt/apache/logs/access/gvh-access_log.1365638400 | grep specific.stuff. | awk '{print $12}' | cut -d/ -f3 | sort | uniq | sort -n | tail -50
Eu sei que é uma longa linha de comando, mas elimina a criação do arquivo intermediário. Se isso não está funcionando para você, você poderia por favor dizer por que, para que você possa obter respostas mais significativas.