A clonagem entre as unidades clonará diretamente a tabela de partições. Isso é problemático porque a nova unidade aparecerá como tendo uma partição maior que a unidade nesse caso. A clonagem de dados brutos é ainda mais problemática porque não há garantia de que os arquivos sejam condensados nos primeiros 128 gigabytes da unidade maior.
O mais seguro é particionar a nova unidade com uma ferramenta dedicada, em vez de clonar as tabelas de partição e, depois, transferir todos os arquivos copiando os arquivos como se fosse um caso ou por meio de uma imagem.
Quando você trabalha com sistemas de arquivos nativos do linux, a solução mais simples é formatar a unidade de destino de acordo com as necessidades e os sistemas de arquivos rsync para as novas partições. O passo final é copiar o MBR (primeiros 512 bytes de um disco rígido).
Com o NTFS, há ntfsclone
do pacote ntfs-3g que pode ser usado para criar instantâneos. Cuidado, porém, é provável que você tenha problemas ao inicializar após restaurar uma imagem para uma nova partição. A página de manual do ntfsclone explica porquê.
A maneira mais fácil de fazer uma instalação do Windows inicializável novamente após a clonagem é executar a instalação e selecionar o procedimento "Reparar o Windows". Embora na maioria das configurações simples (uma partição hdd - one), clonar o MBR com dd deve resolver o problema.