Resposta curta:
O arquivo será sobrescrito no disco? Talvez.
Para a exclusão segura de arquivos, talvez não seja aceitável.
Resposta mais longa:
Acredito que isso depende dos sinalizadores usados ao abrir o arquivo e se o arquivo está compactado ou criptografado. Parece que muitos aplicativos que parecem apenas sobrescrever acabam gravando o novo conteúdo em outro local no disco e deixando o conteúdo original ainda no disco.
Para verificar a localização antes e depois do arquivo, você pode usar a ferramenta DiskView do link
Você está procurando uma ferramenta que escreva todo o espaço livre com zeros? Existe uma ferramenta de MS disponível para isso, mas o modo como ela funciona é que ela cria novos arquivos preenchidos com o mesmo conteúdo (por padrão, não zeros, mas comprime bem de qualquer maneira) e, em seguida, exclui todos eles. Consulte o link para obter mais informações. É também chamado de "Virtual Disk Precompactor.ISO" e é instalado com o Virtual PC ou XP mode.
No entanto, isso cria um curto período de tempo quando o disco está cheio e se o sistema estiver em uso no momento em que ele espalhará novos arquivos por todo o disco. Eu estava pensando que se você pudesse fazer uso das APIs de desfragmentação para mover um arquivo preenchido com zero para todos os locais de espaço livre no disco, teria menos impacto no sistema em execução. Mas eu não vi nenhuma ferramenta para fazer isso.
Se você estiver procurando por uma ferramenta para excluir arquivos com segurança, existe um disponível na Microsoft em link