Não execute o chkdsk e force ainda mais uma unidade que pode estar falhando! Crie um Linux LiveCD / USB, baixe e execute o ddrescue para recuperar dados para uma unidade física separada. Certifique-se de ler o manual primeiro, e há muitos tutoriais na Internet.
Dependendo da quantidade de dados que falta, se você estiver tentando clonar seu SO, a cópia pode ou não funcionar. Você pode tentar, mas eu recomendaria reinstalar seu sistema operacional na nova unidade, montando a imagem do ddrescue e simplesmente copiando seus dados importantes.