Quando você tem dois ou mais arquivos abertos no Reader, você pode pressionar e manter pressionado o botão direito do mouse em um arquivo que não está visualizando no momento e ele permitirá que você o abra em uma nova janela.
Voilà, agora você tem duas instâncias do Reader, cada uma com arquivos diferentes. Basta fazer o Windows 8 split screen thingy e pode estar lado a lado para o seu prazer de visualização.