Eu não sei especificamente sobre leitores de PDF.
No entanto, algumas soluções gerais:
Windows: o autochamada possui ferramentas para extrair coordenadas relativas da janela, portanto é necessário negar barras de ferramentas, etc.
Linux: Nos sistemas X11, está disponível uma ferramenta chamada Xev que exibe todos os eventos X11, incluindo o movimento do cursor, e pode-se dizer que ela está limitada a um ID de janela específico obtido via xwininfo.