Você pode alterar a cor azul na paleta do console (para torná-lo mais claro), clique com o botão direito do mouse no título da janela do console e siga o menu pop-up.
Eu gosto de usar Msys para SSH (porque Putty complica as coisas com suas chaves ssh não padrão), mas quando eu solicito uma lista de diretórios ( ls ) em uma sessão SSH, subdiretórios são listados em uma cor azul que é completamente ilegível contra o fundo preto.
Alguém pode me dizer uma maneira de configurar o Msys para me dar uma cor diferente para diretórios? Na verdade, não desejo desativar as cores globalmente, mas gostaria que os diretórios tivessem uma cor diferente.