Você não pode fazer o vim dentro do terminal, na verdade, em tela cheia, a menos que você tenha a sorte de que tanto a largura quanto a altura sejam múltiplos do tamanho da célula (mais o cromo fixo da interface do usuário levado em consideração).
O terminal é uma grade de texto, e se você forçá-lo a um tamanho maximizado que não corresponde a essa grade, então há necessariamente uma margem que é inacessível ao vim.
Você provavelmente não percebe isso com o xterm porque a cor de fundo do xterm é o mesmo preto da cor de fundo do vim; Considerando que gnome-terminal é diferente.