Não consigo reproduzir o problema específico que você está tendo, mas pode ser porque a janela em primeiro plano é "modal". As janelas modais são aquelas que não podem ser minimizadas até serem "tratadas" - fechadas ou o usuário toma alguma ação para fazer com que a janela desapareça. Será que o Lotus Notes está tomando um comportamento modal em alguns momentos e impedindo que ele mude o foco para outra janela?