Ao acordar de suspender, também conhecido como dormir, seu disco rígido mal deve estar envolvido. Por quê? Como a maioria de seus aplicativos em execução deveria ter permanecido na RAM, esse é todo o design em torno da suspensão.
Considerando isso, se o seu HDD estiver causando esses problemas depois de acordar, provavelmente ele está começando a falhar. Dificuldade em ler uma unidade é uma das primeiras indicações de que uma unidade irá falhar em breve.
Eu recomendo que você substitua o HDD e pare de usá-lo todos juntos depois de ter todos os seus dados fora dele. Em primeiro lugar, substituí-lo por um disco rígido mais recente lhe dará um melhor desempenho, mesmo se seu HDD anterior estivesse funcionando corretamente. Em segundo lugar, você terá mais armazenamento do que antes. Terceiro, dependendo do modelo, você pode usar menos eletricidade com um modelo mais novo.
Com as especificações do seu sistema, 3 minutos é um tamanho de inicialização inaceitável. E você está correto, Vista e até agendar automaticamente defrags. A desfragmentação de um HDD é irrelevante há alguns anos, já que normalmente levaria anos para se tornar um problema de qualquer maneira. Se você está no Vista, considere a atualização para o Windows 7, ele utilizará melhor o seu hardware.
Por fim, "placa de vídeo para jogos" não é uma especificação, é uma aproximação subjetiva. Por tudo o que sabemos, você pode estar usando uma matrox como uma "placa de vídeo para jogos". (isso é uma piada, para o lamen)