Eu tenho um laptop Ubuntu 11.10 emparelhado com um teclado Apple Wireless Keyboard. Estou usando a resposta em esta pergunta para trocar as teclas Comando e Opção para que sejam mapeadas como um teclado normal. Isso funciona bem no Ubuntu.
Agora eu tenho um Macbook Pro rodando como um Synergy Client. Este tipo de mapeamento funciona no Macbook, mas só me permite Command + Tab entre dois programas, nem todos eles. Copiar, Colar e outras Teclas de comando parecem funcionar bem, mas não Command + Tab. É chato só porque eu uso muito o teclado.
E sim, eu poderia mudar para sincronizar o teclado e o Macbook, mas uso mais o laptop do Ubuntu.